Instrukcja gospodarowania wodą to dokument opisujący sposób korzystania z wód (np. dla urządzeń piętrzących, zbiorników retencyjnych lub sytuacji, gdy z wód zależnie korzysta kilka zakładów). Kluczowe jest to, że w aktualnym stanie prawnym instrukcja funkcjonuje w reżimie pozwolenia wodnoprawnego i jest związana z postępowaniem administracyjnym dotyczącym tego pozwolenia.
Zgodnie z przywołanym w kontekście art. 409a ustawy Prawo wodne, instrukcję zatwierdza się w pozwoleniu wodnoprawnym oraz doręcza zainteresowanym podmiotom (zakładom) i właścicielowi wód. Skoro jest zatwierdzana w decyzji/rozstrzygnięciu i stanowi część dokumentacji sprawy, jej właściwym miejscem przechowywania są akta postępowania o pozwolenie wodnoprawne prowadzone przez właściwy organ Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie.
Odpowiedź "archiwum Urzędu Miasta i Gminy właściwego dla lokalizacji urządzenia wodnego" jest błędna, bo gmina nie jest co do zasady organem właściwym do prowadzenia postępowań o pozwolenia wodnoprawne i nie prowadzi akt tych spraw w miejsce organów gospodarki wodnej.
Odpowiedź "Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi jako organie nadzorującym gospodarkę wodną" jest nieprawidłowa, ponieważ instrukcja nie jest dokumentem przechowywanym centralnie w ministerstwie, lecz dokumentem z konkretnej sprawy administracyjnej, który powinien pozostać w aktach organu prowadzącego postępowanie.
Odpowiedź "starostwie powiatowym w rejestrze decyzji środowiskowych dotyczących inwestycji" także jest błędna: decyzje środowiskowe i pozwolenia wodnoprawne to odrębne procedury, a instrukcja gospodarowania wodą nie jest załącznikiem do rejestru decyzji środowiskowych. W praktyce, gdy trzeba uzyskać wgląd w instrukcję, szuka się jej w aktach sprawy pozwolenia wodnoprawnego u właściwego organu Wód Polskich.
