HACCP wymaga analizy zagrożeń i kontroli punktów, w których mogą pojawić się ryzyka (np. przyjęcie surowca, chłodzenie, magazynowanie). Jeśli surowiec jest nieświeży lub z niepewnego źródła, rośnie ryzyko biologiczne i technologiczne, więc procedury zwykle przewidują odrzut lub segregację.