MacConkey wybiera się, gdy celem jest selekcja i wstępne różnicowanie bakterii Gram-ujemnych w materiale potencjalnie mieszanym. Agar z krwią jest bardziej ogólny i pozwala oceniać wiele bakterii, w tym Gram-dodatnie, oraz hemolizę. W praktyce często stosuje się je równolegle, by uzyskać pełniejszy obraz.