Najczęstsze zagrożenia to: wilgoć (zbrylanie, zmiana masy i sypkości), zanieczyszczenia (pył, piasek, odpady), uszkodzenia opakowań (pylenie, ubytki) oraz pomylenie partii. Magazyn zamknięty ogranicza te ryzyka, ale nie zastępuje dobrej organizacji składowania.