Nawozy organiczne (np. obornik, kompost) są korzystne głównie dlatego, że poprawiają właściwości gleby, a nie tylko "dokarmiają" rośliny. Wprowadzają materię organiczną, która z czasem ulega rozkładowi i przyczynia się do powstawania próchnicy. Próchnica i produkty rozkładu sprzyjają tworzeniu struktury gruzełkowatej, czyli takiej, w której gleba ma stabilne agregaty, nie zaskorupia się łatwo i lepiej pracuje po opadach oraz podczas suszy.
Poprawa struktury przekłada się bezpośrednio na to, że rośliny mogą efektywniej korzystać z zasobów:
- woda – gleba z większą ilością materii organicznej zwykle lepiej magazynuje wodę i wolniej przesycha;
- składniki pokarmowe – są wiązane w glebie i stopniowo uwalniane w miarę rozkładu, co ogranicza gwałtowne wahania dostępności;
- powietrze w glebie – lepsza porowatość sprzyja oddychaniu korzeni i aktywności mikroorganizmów.
Stwierdzenie, że składniki z nawozów organicznych są "natychmiast dostępne", jest mylące: w wielu przypadkach wymagają one mineralizacji przez mikroorganizmy, więc efekt jest bardziej rozłożony w czasie niż przy typowych nawozach mineralnych. Teza o tym, że zwiększenie kwasowości jest korzystne dla większości roślin, także jest zbyt ogólna: różne gatunki mają odmienne wymagania pH, a zbyt kwaśna gleba może ograniczać pobieranie części składników. Również pogląd, że nawozy organiczne całkowicie eliminują potrzebę nawozów mineralnych, jest uproszczeniem – w praktyce dobór nawożenia zależy od zasobności gleby, gatunku roślin i celu uprawy.
Dla praktyki (w tym przy roślinach pożytkowych ważnych w otoczeniu pasieki) kluczowe jest zapamiętanie, że nawóz organiczny działa "glebotwórczo": poprawia warunki siedliskowe, co stabilizuje wzrost roślin i ich zdolność do pobierania wody oraz składników.